Pencirian berdasarkan komputer elemen LTR retrotransposon Ty3-gypsy dari pangkalan data projek genom padi

Mohd Azwan Adnan, (2007) Pencirian berdasarkan komputer elemen LTR retrotransposon Ty3-gypsy dari pangkalan data projek genom padi. Universiti Malaysia Sabah. (Unpublished)

[img]
Preview
Text
ae0000002934.pdf

Download (9MB) | Preview

Abstract

Dari kajian ini, satu jujukan penuh LTR-retrotransposon Ty3-gypsy telah dicirikan daripada pangkalan data genom padL Elemen dengan nombor akses AL662989.3 terletak pada pasangan bes 112129 hingga ke pasangan bes 125033 pada nombor akses AL662989.3 dari kromosom 4 Oryza sativa Japonica. Jujukan ini dikenal pasti mempunyai gen LTR-retrotransposon Ty3-gypsy dengan struktur organisasi genomik seperti berikut- 5'-L TR-gag-pol-LTR-3'. Kesemua gen ini dicirikan berdasarkan produk protein dan motif terpelihara menggunakan pangkalan data domain terpelihara (CDD) dan pangkalan data domain keluarga protein (pfam). Oen gag dicirikan oleh keputusan pencirian keluarga protein dengan nilai skor sebanyak 56.1 dan nilai e serendah 1.1e-15. Bahagian gen pol dicirikan oleh dua produk protein iaitu transkriptase berbalik dengan skor bit 122.2 dan nilai E 1.6e-33 dan integrase dengan skor bit 126.2 dan nilai E 9.2e-35. Dikedua-dua hujung 5' dan 3', gen retroelemen ini, diapit olehjujukan LTR sepanjang 1094 pasangan bes setiap satu dengan 100% kesamaan. Keseluruhan saiz jujukan lengkap LTR-retrotransposon Ty3-gypsy yang berada di dalam genom padi ialah 13050 pasangan bes

Item Type: Academic Exercise
Uncontrolled Keywords: retrovirus, paddy genome, Oryza sativa japonica, conserve domain database
Subjects: S Agriculture > SB Plant culture
Divisions: SCHOOL > School of Science and Technology
Depositing User: Unnamed user with email storage.bpmlib@ums.edu.my
Date Deposited: 20 Jul 2016 06:15
Last Modified: 24 Oct 2017 06:04
URI: http://eprints.ums.edu.my/id/eprint/10452

Actions (login required)

View Item View Item

Browse Repository
Collection
   Articles
   Book
   Speeches
   Thesis
   UMS News
Search
Quick Search

   Latest Repository

Link to other Malaysia University Institutional Repository

Malaysia University Institutional Repository