Computer-based characterization of primate endogenous retrovirus in human genome project

Chow, Jia Long (2008) Computer-based characterization of primate endogenous retrovirus in human genome project. Universiti Malaysia Sabah. (Unpublished)

[img] Text
Computer-based characterization of primate endogenous retrovirus in human genome project.pdf

Download (1MB)

Abstract

Melalui experiment ini, jujukan penuh primate endogenous retrovirus telah dijumpai dari Pangkalan Data projek Genom Manusia. Nombor akses jujukan tersebut ialah gb|AC025420. 26|, dan telah dipancing keluar oleh prob virus monyet Mason-Pfizer. Bit skor untuk gb1AC025420.261 ialah 211 dan Nilai E ialah Ie'].Endogenous retrovirus tersebut terdiri daripada LTR-gag-pol-env-LTR. dengan Jumlah panjang 9289 pasangan bes. Panjang LTR ialah 801 bes. Manakala panjang jujukan bergabung gag-pol-env ialah 7687 bes. Major homologous region di dalam bahagian gag mempunyai motif terpelihara ᵩXQX2EXFᵩXRLX3ᵩ, di mana ᵩ ialah jujukan hidrofobik. Kotak Cysteine- Histidine yang juga dalam bahagian gag mempunyai motif terpelihara CX2CX4HX4C, dan X ialah mana-mana asid amino. Beberapa motif terpelihara terdapat di bahagian pol. seperti motif translcripsi berbalik dengan jujukan W/CNTP, QDLR. KDAFF, LPQG, dan YXDD. Bahagian env mempunyai banyak jujukan asid amino dengan motif NXS/T, yang merupakan isyarat untuk glyeosylation. Daripada pangkalan data Pfam, bahagian gag mempunyai gen yang kod untuk protein gag p10, gag p24, dan jejari zink. Skor bit protein terse but ialah 68.5, 339.9,dan 34.1. E value protein tersebut ialah 9.3e-20, 4.4e-99, dan 5e-07. Bahagian pol mempunyai gen yang kod untuk retroviral aspartyl protease. protein G patch, RnaseH, pengikat zink integrase domain,domain utama integrase, domain pengilcat DNA integrase, dan trameriptase berbalik. Skor bit protein tersebut ialah 24.6, 72.9, 52.5, 61.8, 15J.4, 65.6, and 160.7 .. E value merelca ialah 2.6e-06, 2.5e-20, 2.2e-15, 2Ae-15, 6e-43, 1.6e-16, and 3.8e-45. Di bahagian env, terdapat gen untuk protein gp36 dengan skor bit 62.5 dan E value 1.4e-15. Bahagian LTR yang mengapit jujukan gag-pol-env mempunyai kesamaan sebanyak 99% di antara mereka. Semua keputusan telah disahkan dengan menggunakan beberapa program bioinfomatik, seperti BLAST, ORF Finder, BCM Search Launcher, Pfam, dan BLAST2seq.

Item Type: Academic Exercise
Uncontrolled Keywords: Mason-Pfizer monkey Virus probe , gag-pol-env , amino acid
Subjects: Q Science > QA Mathematics > QA75 Electronic computers. Computer science
Divisions: FACULTY > Faculty of Science and Natural Resources
Depositing User: Noraini
Date Deposited: 19 Apr 2018 03:36
Last Modified: 19 Apr 2018 03:36
URI: http://eprints.ums.edu.my/id/eprint/19832

Actions (login required)

View Item View Item

Browse Repository
Collection
   Articles
   Book
   Speeches
   Thesis
   UMS News
Search
Quick Search

   Latest Repository

Link to other Malaysia University Institutional Repository

Malaysia University Institutional Repository