Pencirian Kawasan Gen Polimerase (POL) Retrovirus Sclerosis berganda (MSRV) dengan menggunakan program Retrotector

Juinah Yanam, (2007) Pencirian Kawasan Gen Polimerase (POL) Retrovirus Sclerosis berganda (MSRV) dengan menggunakan program Retrotector. Universiti Malaysia Sabah.

[img] Text
Pencirian Kawasan Gen Polimerase (POL) Retrovirus Sclerosis berganda (MSRV) dengan menggunakan program Retrotector.pdf

Download (152kB)

Abstract

Objektif bagi kajian ini adalah untuk mencirikan bahagian pol HERV-MSRV dengan menggunakan program RetroTector. Pencirian yang dilakukan adalah berdasarkan kepada motif-motif terpelihara yang ada di dalam bahagian pol tesebut. Selain itu, cars-cars pemasangan dan penggunaan serta kelebihan dan kelemahan RetroTector juga turut dikaji. Terdapat 5 langkah utama yang terlibat dalam kajian ini, iaitu mendapatkan motif-motif terpelihara secara manual daripada bank gen sebagai langkah pertama, dan diikuti dengan langkah kajian tentang keperluan dan cara-cars pemasangan RetroTector ke dalam sistem komputer. Seterusnya adalah mendapatkan motif-motif terpelihara dengan menggunakan program RetroTector. Selepas itu, motif-motif terpelihara yang diperolehi secara manual dengan motif-motif terpelihara yang diperolehi melalui program RetroTector dibandingkan. Sebagai langkah terakhir, ujian sensitiviti program RetroTector dijalankan. Didapati bahagian pol MSRV mengandungi sembilan jenis motif terpelihara. laitu dua motif pada gen protease, enam motif pada gen RT dan satu motif pada gen integrase. Motif-motif terpelihara yang diperolehi melalui RetroTector adalah hampir sama dengan motif-motif terpelihara yang diperolehi secara manual daripada bank gen, terutamanya motif terpelihara bagi gen protease dan gen integrase. Bagi gen transkriptase berbalik, terdapat sedikit perbezaan dimana motif terpelihara bagi domain kedua, iaitu QDLR, yang diperolehi secara manual tidak diperolehi melalui RetroTector. Sebaliknya, satu motif lain, iaitu GYKVSKPKAR, telah diperolehi. Secara keseluruhannya, program RetroTector, apabila digabungkan dengan kaedah manual, berpotensi menjadi salah satu perkakas bioinformatik yang penting yang dapat memberi banyak kelebihan kepada penggunanya dalam mencirikan retrovirus endogenus manusia

Item Type: Academic Exercise
Uncontrolled Keywords: HERV-MSRV , RetroTectorp rogram , genbank
Subjects: Q Science > QD Chemistry
Divisions: SCHOOL > School of Science and Technology
Depositing User: Noraini
Date Deposited: 09 Jul 2019 23:47
Last Modified: 09 Jul 2019 23:47
URI: http://eprints.ums.edu.my/id/eprint/22467

Actions (login required)

View Item View Item