Penyaringan berdasarkan komputer Retrovirus Endogenous Piscin Daripada Pangkalan data projek Genom manusia

Juli Panicker, (2007) Penyaringan berdasarkan komputer Retrovirus Endogenous Piscin Daripada Pangkalan data projek Genom manusia. Universiti Malaysia Sabah. (Unpublished)

[img] Text
Pencirian Kawasan Gen Polimerase (POL) Retrovirus Sclerosis berganda (MSRV) dengan menggunakan program Retrotector.pdf

Download (152kB)

Abstract

Projek ini dijalankan untuk mencapai satu tujuan yang utama iaitu menyaring jujukan retrovirus endogenus daripada perumah piscin ataupun ikan dalam pengkalan data Projek Genom Manusia.Lima langkah terlibat dalam pelaksanaan projek ini iaitu mendapatkan prob iaitu jujukan retrovirus endogenus daripada piscin, melakukan penyaringan jujukan retrovirus endogenus dalam pengkalan data Projek Genom Manusia dengan menggunakan prob sebagai query sequence,hasil penyaringan iaitu jujukan nukleotida diterjemahk epadaj ujukan asid amino, penyusunanju jukan dijalankan dan langkah yang terakhir sekali ialah pembinaan pokok filogenetik menggunakan jujukan prob dan jujukan basil daripada penyaringan. Sebanyak sebelas jujukan retrovirus endogenus daripada piscin digunakan sebagapi rob iaitu RVLeptobarbus hovenii, RV Amblycepss p, WEHV, RV FuguA, RV Cynoglossus lingua, SnRV, WDSV, RV PufferfishJ, ZFERV, RV MONG dan SSVSB. Setelah penyaringan jujukan dijalankan, sebanyak9 7 jujukan diperolehi daripada pengkalan data Projek Genom Manusia diperolehi namun hanya 57 jujukan sahaja yang diambil untuk analisis seterusnya dan jujukan ini dikenali sebagai subject sequence Kesemua jujukan daripada pengkalan data ini dan juga jujukan prob susun secara manual iaitu menggunakan mata kasar. Penyusunan secara berkomputer iaitu menggunakan program CLUSTALW juga dijalankan. Hasil daripada keputusan penyusunan hanya 6 0 jujukan sahaja terlibat dalam pembinaan pokok filogenetik iaitu 49 jujukan daripada pengkalan data dan 11 jujukan prob. Manakala, daripada pokok V1 filogenetik menggunakan program PAUP, didapati hampir kesemua jujukan daripada pengkalan data dikumpulkan bersama-sama dengan retrovirus endogenus daripada perumah manusia seperti ERV9 dan HERVE."

Item Type: Academic Exercise
Uncontrolled Keywords: Endogenous retrovirus , piscine host , Human Genome Project databases
Subjects: Q Science > QA Mathematics
Divisions: SCHOOL > School of Science and Technology
Depositing User: Noraini
Date Deposited: 09 Jul 2019 07:06
Last Modified: 09 Jul 2019 07:06
URI: http://eprints.ums.edu.my/id/eprint/22475

Actions (login required)

View Item View Item