Penyaringan berkomputer virus endogenus primat dari pangkalan data genom manusia

Chandramohan Gnanasekaren, (2007) Penyaringan berkomputer virus endogenus primat dari pangkalan data genom manusia. Universiti Malaysia Sabah. (Unpublished)

[img]
Preview
Text
ae0000000748.pdf

Download (2MB) | Preview

Abstract

Secara keseluruhan, projek ini bertujuan untuk menyaring jujukan retrovirus endogenus dan retroelemen dan pangkalan data projek genom manusia. Jujukan retrovirus endogenus daripada famili primat yang digunakan sebagai prob ialah Mason Pfizer Monkey Virus (MPMV), Hwnan T-lymphotropic virus (HTLV-l), Human T -lymphotropic virus (HTL V -2), Simian T -lymphotropic virus (STL V -3) dan Simian immunodeficiency virus-mnd2 (SIV-mnd2). Prob tersebut digunakan untuk penyaringan melalui perisian BLAST. lni memberikan sebanyak 63 elemen yang dipilih untuk diterjemah melalui bingkai bacaan terbuka (ORF). Sebanyak 28 jujukan dari keputusan ORF dipilih untuk tujuan kajian penyusunan secara manual serta berkomputer (perisian Clustalw). Sebanyak 15 asid amino dikenal pasti sebagai menunjukkan homo)ogi dalam semua prob dan elemen. Namun, tiada satu pun domain lengkap yang menunjukkan homologi dalam kesemua jujukan tersebut. Akhir sekali, pembinaan pokok filogenetik spesifik dan universal dilakukan. Kedua-dua jenis pokok filogenetik telah menunjukkan topologi yang sama ia juga menunjukkan bahawa elemen-elemen terpisah daripada prob dan berada pada kumpulan berasingan (separated cluster). lni menunjukkan terdapat homologi yang lebih tinggi pada jujukan asid amino antara elemen-elemen tetapi kurang antara elemen-elemen dan prob. Maka, risiko transmisi bagi virus kajian adalah kurang. Namun, jujukan selebihnya dari prob perlu dikaji kerana ia mungkin mempunyai ciri atau jujukan terpelihara yang boleh meninggikan risiko transmisi virus tersebut pada manusia.

Item Type: Academic Exercise
Uncontrolled Keywords: Endogenous retrovirus, Retro elements, Genome database, Amino acid
Subjects: ?? QH426-470 ??
Q Science > QR Microbiology
Divisions: SCHOOL > School of Science and Technology
Depositing User: Unnamed user with email storage.bpmlib@ums.edu.my
Date Deposited: 05 Sep 2012 01:49
Last Modified: 10 Oct 2017 09:30
URI: http://eprints.ums.edu.my/id/eprint/4800

Actions (login required)

View Item View Item

Browse Repository
Collection
   Articles
   Book
   Speeches
   Thesis
   UMS News
Search
Quick Search

   Latest Repository

Link to other Malaysia University Institutional Repository

Malaysia University Institutional Repository