Penyaringan berkomputer retrovirus endogenus khinzir (PERV) daripada pengkalan data projek genom manusia

Siti Sarah Mohd. Noor, (2007) Penyaringan berkomputer retrovirus endogenus khinzir (PERV) daripada pengkalan data projek genom manusia. Universiti Malaysia Sabah. (Unpublished)

[img]
Preview
Text
ae0000002185.pdf

Download (2MB) | Preview

Abstract

Terdapat tigajenis retrovirus endogenous khinzir iaitu PERV-A, PERV-B dan PERV-C. Ketiga-tiga kelas virus ini merupakan virus-virus di bawah genera gammaretrovirus di mana mereka mempunyai hubungan yang sangat rapat dengan virus-virus leukimia murin dan felin yang dapat merangsangkan atau menggalakkan tumor dan immunodcfisiensi dalam perumah yang dijangkiti. Organ khinzir merupakan organ yang sangat penting dalam xenotransplantasi (pemindahan organ haiwan ke dalam badan manusia) kerana menurut kajian, organ khinzir merupakan organ yang paling sesuai menggantikan organ manusia. Akan tetapi, penerima xenotranplantasi berisiko tinggi untuk dijangkiti oleh PERV yang telah lama berintegrasi dan wujud di dalarn genom khinzir. Oleh itu, projek ini dilakukan untuk melihat kemungkinan samada pemindahan secara horizontal antara retrovirus endogenous khinzir ke dalam genom manusia dapat berlaku. Dalam projek ini, penyaringan secara berkomputer dilakukan dengan mencari elemen-elemen di dalam genom manusia yang homolog dengan prob yang digunakan. Prob yang digunakan terdiri daripada PERV, PERV-C/A dan PERV-C. Kaedah BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) digunakan untuk menyaring jujukan-jujukan tersebut melalui GENBANK. Pencarian ORF kemudian digunakan untuk penyaringan kali kedua. Jujukan yang didapati kemudiannya disusun menggunakan dua cara iaitu secara manual dan berkomputer (ClustalW). Sebanyak 100 elemen telah disaring untuk setiap satu prob dalam penyaringan BLAST manakala selepas penyaringan ORF, sebanyak 14 elemen didapati dari prob 1, 27 elemen dari prob 2 dan 9 elemen dari prob 3. Sebanyak 27 elemen sahaja tidak tennasuk prob dan retrovirus dari genera lain yang digunakan dalam penyusunan ClustalW bagi pembinaan pokok filogenetik. Dalam analisis pokok filogenetik, didapati semua elemen berkumpul mengikut perumah masing-masing termasuk retrovirus dari tujuh genera yang berlainan dalam pokok filogenetik universal.

Item Type: Academic Exercise
Uncontrolled Keywords: endogenous retrovirus, gammaretrovirus, immunodcfisiensi, GENBANK, phylogenetic, pig
Subjects: Q Science > QH Natural history > QH301 Biology
Divisions: SCHOOL > School of Science and Technology
Depositing User: MDM SITI AZIZAH IDRIS
Date Deposited: 25 Apr 2014 06:07
Last Modified: 13 Oct 2017 03:26
URI: http://eprints.ums.edu.my/id/eprint/8861

Actions (login required)

View Item View Item