Penyaringan berdasarkan komputer retrovirus endogenus ovin dari pangkalan data projek genom manusia

Nurul Nadhirah Ramli, (2007) Penyaringan berdasarkan komputer retrovirus endogenus ovin dari pangkalan data projek genom manusia. University Malaysia Sabah. (Unpublished)

[img]
Preview
Text
ae0000002225.pdf

Download (1MB) | Preview

Abstract

Projek ini bertujuan untuk menyaring keluar retrovirus endogenus dari perumah Ovin dalam pangkalan data genom manusia. Lima langkah utama yang terlibat dalam kajian ini ialah yang pertama mendapatkan jujukan prob daripada perumah Ovin dari GenBank. Prob-prob yang digunakan dalam kajian ini ialah sebanyak tiga prob iaitu Jaagsiekte Sheep Retrovirus, Enzootic Nasal Tumour Virus of Goat (genus Betaretrovirus) dan Ovine Lentivirus (genus Lentivirus). Langkah kedua ialah menyaring keluar retrovirus endogenus dari perumah Ovin dalam pangkalan data genom manusia. Sebanyak 307 jujukan elemen yang diperolehi hasil daripada penyaringan ini. Manakala langkah ketiga adalah penterjemahan jujukan nukleotida ke asid amino dan langkah keempat adalah penyusunan jujukan secara mata kasar (eyeball alignment) dan penyusunan jujukan menggunakan program komputer CLUSTALW. Daripada hasil penyaringan, 38 jujukan elemen diambil untuk penyusunanjujukan secara manual dan CLUSTALW. Daripada 38 jujukan ini, 13 jujukan elemen diambil termasuk tiga prob dipilih berdasarkan perbezaan yang paling ketara untuk motif terpelihara bagi setiap domain digunakan untuk pembinaan pokok filogenetik spesiflk dan pokok filogenetik universal dalam langkah kelima. Keputusan daripada pokok filogenetik universal mendapati bahawa retrovirus endogenus Ovin datang daripada dua genera retrovirus iaitu Betaretrovirus dan Lentivirus.

Item Type: Academic Exercise
Uncontrolled Keywords: endogenous retrovirus, Ovin, genome database, GenBank, CLUSTALW, phylogenetic tree
Subjects: Q Science > QR Microbiology
Divisions: SCHOOL > School of Science and Technology
Depositing User: MDM SITI AZIZAH IDRIS
Date Deposited: 14 May 2014 05:20
Last Modified: 13 Oct 2017 03:51
URI: http://eprints.ums.edu.my/id/eprint/9010

Actions (login required)

View Item View Item