Mohd Zhafran Bin Mohd Zainuldin (2007) Analisis filogenetik subfamili retrovirus endogenous manusia (HERVs) di dalam genom manusia menggunakan perisian paup (Phylogenetic Analysis Using Parsimony). Universiti Malaysia Sabah. (Unpublished)
|
Text
ae0000002153.pdf Download (7MB) | Preview |
Abstract
Kajian ini memfokuskan kepada analisis filogenetik pada subfamili retrovirus endogenous manusia (HERVs) menggunakan perisian PAUP 4.0. Analisis ini dapat dijalankan dengan lebih mudah disebabkan telah sempurnanya projek genom manusia yang dijalankan di antara tahun 2000 hingga 2003. Maklumat genom manusia ini boleh diakses pada laman web National Center for Biotechnology Information (NCBD. Perbandingan di antara jujukan retrovirus endogenous manusia (HERVs) dilakukan menggunakan peri sian PAUP 4.0. Daripada keputusan yang diperolehi dalam penyaringan menggunakan duajenis prob iaitu HERV.E dan ERV-9, sebanyak sembilan elemen telah diperoleh daripada kedua-duanya. Daripada keputusan pokok filogenetik dengan menggunakan kaedah Neighbour Joining, elemen AF009668 dikumpulkan bersama ERV -9 dengan 84 nilai bootstrap dan perkaitan ini dikatakan monofiletik. Seterusnya keseluruhan kluster tersebut yang mengandungi elemen AF009668, AC000064 dan ERV-9 dikaitkan kepada HERV.E dengan 98 nilai bootstrap. Walaubagaimanapun, lain-lain elemen yang diperolehi daripada penyaringan dikumpulkan dalam satu kumpulan lain yang terdiri daripada elemen AC002319, AC005946, Z70280, Z68758, AB000880 dan D86999. Elemen AC002319 dikumpulkan bersama elemen AC005946 dengan 53 nilai bootstrap dan perkaitan ini dikatakan monofiletik. Seterusnya elemen Z70280, Z68758, AB000880 dan D86999 membentuk kumpulan parafiletik dengan kumpulan gabungan elemen AC002319 dan AC005946. Keseluruhan kumpulan parafiletik tersebut dikaitkan kepada HERV.E dengan 74 nilai bootstrap.
| Item Type: | Academic Exercise |
|---|---|
| Keyword: | Retrovirus endogenous manusia (HERVs), PAUP 4.0. software, Biotechnology Information (NCBI), ERV-9 |
| Subjects: | Q Science > QH Natural history > QH301-705.5 Biology (General) |
| Depositing User: | MDM FAUZIAH MATSIN |
| Date Deposited: | 02 Apr 2014 10:25 |
| Last Modified: | 13 Oct 2017 09:46 |
| URI: | https://eprints.ums.edu.my/id/eprint/8637 |
Actions (login required)
 |
View Item |