Penyaringan secara berkomputer retrovirus endogenous manusia dari databes projek genom manusia (dari kromosom autosom)

Roziah Rosli, (2005) Penyaringan secara berkomputer retrovirus endogenous manusia dari databes projek genom manusia (dari kromosom autosom). Universiti Malaysia Sabah. (Unpublished)

[img]
Preview
Text
ae0000001357.pdf

Download (2MB) | Preview

Abstract

Kajian ini memfokuskan kepada penyaringan terhadap retrovirus endogenous manusia, HERV di dalam kromosom autosom. Terdapat empat langkah utama yang telah digunakan dalam kajian ini iaitu pencarian jujukan yang bertindak sebagai prob, penyaringan jujukan, penyusunan jujukan dan pembinaan pokok filogenetik. riga prob HERV yang terIibat dalam penyaringan ialah HERV-E, ERV-9 dan MSRV (Multiple Sclerosis Retrovirus). Melalui penyaringan pertama menggunakan program tBLASTn, 300 elemen diperolehi dan hanya 30 jujukan dipilih daripada 263 elemen HERV di dalam kromosom autosom untuk penyusunanjujukan. Hanya 14 jujukan daripada 30 jujukan ini dipilih dalam proses penyaringan kedua yang digunakan untuk membina pokok filogenetik. Langkah ketiga ialah penyusunan jujukan yang melibatkan dua proses iaitu penyusunan mata kasar dan penyusunan berkomputer mengggunakan program clustalw. Hasil penyaringan pertama, sebanyak 33 jujukan termasuk jujukan prob digunakan untuk penyusunan mata kasar dan juga penyusunan berkomputer. Hasil penyaringan kedua pilla, 17 jujukan termasuk prob digunakan untuk penyusunan berkomputer bagi menghasilkan pokok filogenetik. Dua pokok filogenetik telah dihasilkan. Pertama, pokok filogenetik spesifik yang membuktikan ERV-9 dan MSRV adalah dari kumpulan HERV yang sama. Kedua pokok filogenetik universal yang membuktikan ketiga-tiga prob diletakkan pada kelas yang sama iaitu kelas 1 retrovirus endogenous manusia .Disamping itu dapat dibuktikan juga HERV datang dari genera gammaretrovirus dan terdapat pertalian yang dekat antara HERV dari kromosom autosom dengan kromosom seks.

Item Type: Academic Exercise
Uncontrolled Keywords: human endogenous retrovirus, autosomal chromosome, phylogenetic tree, genera of gammaretrovirus
Subjects: Q Science > QH Natural history > QH426 Genetics
Divisions: SCHOOL > School of Science and Technology
Depositing User: MDM SITI AZIZAH IDRIS
Date Deposited: 25 Sep 2013 05:27
Last Modified: 17 Oct 2017 03:27
URI: http://eprints.ums.edu.my/id/eprint/7066

Actions (login required)

View Item View Item