Chandramohan Gnanasekaren (2007) Penyaringan berkomputer virus endogenus primat dari pangkalan data genom manusia. Universiti Malaysia Sabah. (Unpublished)
|
Text
ae0000000748.pdf Download (2MB) | Preview |
Abstract
Secara keseluruhan, projek ini bertujuan untuk menyaring jujukan retrovirus endogenus dan retroelemen dan pangkalan data projek genom manusia. Jujukan retrovirus endogenus daripada famili primat yang digunakan sebagai prob ialah Mason Pfizer Monkey Virus (MPMV), Hwnan T-lymphotropic virus (HTLV-l), Human T -lymphotropic virus (HTL V -2), Simian T -lymphotropic virus (STL V -3) dan Simian immunodeficiency virus-mnd2 (SIV-mnd2). Prob tersebut digunakan untuk penyaringan melalui perisian BLAST. lni memberikan sebanyak 63 elemen yang dipilih untuk diterjemah melalui bingkai bacaan terbuka (ORF). Sebanyak 28 jujukan dari keputusan ORF dipilih untuk tujuan kajian penyusunan secara manual serta berkomputer (perisian Clustalw). Sebanyak 15 asid amino dikenal pasti sebagai menunjukkan homo)ogi dalam semua prob dan elemen. Namun, tiada satu pun domain lengkap yang menunjukkan homologi dalam kesemua jujukan tersebut. Akhir sekali, pembinaan pokok filogenetik spesifik dan universal dilakukan. Kedua-dua jenis pokok filogenetik telah menunjukkan topologi yang sama ia juga menunjukkan bahawa elemen-elemen terpisah daripada prob dan berada pada kumpulan berasingan (separated cluster). lni menunjukkan terdapat homologi yang lebih tinggi pada jujukan asid amino antara elemen-elemen tetapi kurang antara elemen-elemen dan prob. Maka, risiko transmisi bagi virus kajian adalah kurang. Namun, jujukan selebihnya dari prob perlu dikaji kerana ia mungkin mempunyai ciri atau jujukan terpelihara yang boleh meninggikan risiko transmisi virus tersebut pada manusia.
| Item Type: | Academic Exercise |
|---|---|
| Keyword: | Endogenous retrovirus, Retro elements, Genome database, Amino acid |
| Subjects: | Q Science > QH Natural history > QH301-705.5 Biology (General) > QH426-470 Genetics Q Science > QR Microbiology |
| Department: | SCHOOL > School of Science and Technology |
| Depositing User: | ADMIN ADMIN |
| Date Deposited: | 05 Sep 2012 09:49 |
| Last Modified: | 10 Oct 2017 17:30 |
| URI: | https://eprints.ums.edu.my/id/eprint/4800 |
Actions (login required)
 |
View Item |