Mohd Azwan Adnan (2007) Pencirian berdasarkan komputer elemen LTR retrotransposon Ty3-gypsy dari pangkalan data projek genom padi. Universiti Malaysia Sabah. (Unpublished)
|
Text
ae0000002934.pdf Download (9MB) | Preview |
Abstract
Dari kajian ini, satu jujukan penuh LTR-retrotransposon Ty3-gypsy telah dicirikan daripada pangkalan data genom padL Elemen dengan nombor akses AL662989.3 terletak pada pasangan bes 112129 hingga ke pasangan bes 125033 pada nombor akses AL662989.3 dari kromosom 4 Oryza sativa Japonica. Jujukan ini dikenal pasti mempunyai gen LTR-retrotransposon Ty3-gypsy dengan struktur organisasi genomik seperti berikut- 5'-L TR-gag-pol-LTR-3'. Kesemua gen ini dicirikan berdasarkan produk protein dan motif terpelihara menggunakan pangkalan data domain terpelihara (CDD) dan pangkalan data domain keluarga protein (pfam). Oen gag dicirikan oleh keputusan pencirian keluarga protein dengan nilai skor sebanyak 56.1 dan nilai e serendah 1.1e-15. Bahagian gen pol dicirikan oleh dua produk protein iaitu transkriptase berbalik dengan skor bit 122.2 dan nilai E 1.6e-33 dan integrase dengan skor bit 126.2 dan nilai E 9.2e-35. Dikedua-dua hujung 5' dan 3', gen retroelemen ini, diapit olehjujukan LTR sepanjang 1094 pasangan bes setiap satu dengan 100% kesamaan. Keseluruhan saiz jujukan lengkap LTR-retrotransposon Ty3-gypsy yang berada di dalam genom padi ialah 13050 pasangan bes
| Item Type: | Academic Exercise |
|---|---|
| Keyword: | retrovirus, paddy genome, Oryza sativa japonica, conserve domain database |
| Subjects: | S Agriculture > SB Plant culture |
| Department: | SCHOOL > School of Science and Technology |
| Depositing User: | ADMIN ADMIN |
| Date Deposited: | 20 Jul 2016 14:15 |
| Last Modified: | 24 Oct 2017 14:04 |
| URI: | https://eprints.ums.edu.my/id/eprint/10452 |
Actions (login required)
 |
View Item |