Kajian filogenetik dan morfologi genius Thrixspermum (orchidaceae) di Sabah

Mahani Mohd Isa (2017) Kajian filogenetik dan morfologi genius Thrixspermum (orchidaceae) di Sabah. Masters thesis, Universiti Malaysia Sabah.

	Text 24 PAGES.pdf Download (1MB)
	Text FULLTEXT.pdf Restricted to Registered users only Download (13MB)

Abstract

Thrixspermum merupakan genus orkid yang kurang diketahui dan difahami. Tempoh bunga mekar pendek, spesimen rujukan dan deskripsi asal spesies yang kurang baik menyebabkan masalah identifikasi dan klasifikasi. Terdapat tiga objektif dalam kajian ini iaitu untuk mewujudkan DNA Barcoding bagi genus Thrixspermum di Sabah, untuk menjelaskan kekeliruan hubungan di antara seksyen dalam genus Thrixspermum dengan menggunakan analisis molekular ITS dan rbcL berdasarkan kawasan nuklear ribosomal DNA dan kawasan kloroplas, dan untuk mendokumentasikan ciri morfologi ringkas spesies Thrixspermum. Sebanyak 27 spesimen (10 berbunga, 17 tidak berbunga) telah dikumpulkan yang terdiri daripada 26 Thrixspermum dan satu Cordiglottis fulgens iaitu sinonim kepada Thrixspermum. Dua-puluh satu spesimen telah dikenalpasti sehingga ke peringkat seksyen Schlechter (diadaptasi pada 1911): Thrixspermum/ Dendrocolla dan Katoco//a. Kaedah pengekstrakkan molekular adalah berdasarkan protokol piawai CTAB dan menggunakan protokol yang diterbitkan oleh kit pengekstrakan tumbuhan Dneasy. Protokol PCR dan Agarose gel elektroforesis menggunakan protokol piawai orkid. Penulenan, kitaran penjujukan, pemendakan dan penjujukan adalah menggunakan kit protokol dari QIAGEN. Hasil jujukan disusun secara manual dengan menggunakan perisian BioEdit versi 7 .2.2.0. Fail jujukan yang telah disusun ditukar ke fail Nexus dan digunakan dalam analisis filogenetik Maksimum Likelihood dan Bayesian Inference. Panjang jujukan ITS dan rbcL adalah masingmasing diantara 705-862 jujukan (bp) dan 632-737 bp. Jujukan bagi dua wilayah piawai kodbar telah diuji untuk jarak genetik. Jarak-jarak genetik dalam genus berdasarkan ITS dan rbcL masing-masing adalah 0.36-75 dan 0.98-75. Hubungan filogenetik kombinasi dua kawasan DNA dilakukan dengan menggunakan 27 spesimen dan satu outgroup (Phalaenopsis aphrodite Rchbf.f). Pokok filogenetik berdasarkan dataset gabungan (ITS dan rbcl) menghasilkan gambaran jelas mengenai hubungan seksyen dalam Thrixspermum. Pokok filogenetik terdiri daripada dua klad monofiletik utama, dan klad terbentuk mengikut kepada kumpulan seksyen Thrixspermum dan Dendrocolla seperti yang diperkenalkan oleh Schlecter (1911). Thrixspermum pens11e (Katocolla sek.) terletak di antara dua klad utama. Walaupun/ T. pensi/e adalah monofiletik dengan klad dari sek. Thrixspermum , tetapi nilai sokongan yang diperolehi adalah rendah iaitu 44 bp. Data molekul kajian ini tidak dapat memberikan sokongan samada pembentukan sek. Katoco/la boleh terjadi dan juga tidak membuktikan kebarangkalian bahawa spesies dari seksyen tersebut mungkin tertanam di dalam dua kumpulan seksyen lain akibat dari limitasi spesimen dan jujukan. Pemansuhan sek. Katocol/a seperti dicadangkan oleh O'Byrne tidak boleh disokong oleh kajian ini. Waiau bagaimanapun, kajian ini berjaya menyediakan data molekul menyokong pembentukan dua seksyen Thrixspermum yang lain (sek. Thrixspermum dan Dendrocolla). Kajian ini juga telah membuktikan genus Cordiglottis adalah sinonim kepada Thrixspermum berdasarkan kedudukan Cordiglottis fulgens dalam klad sect. Thrixspermum. Ciri-ciri morfologi bagi sebelas spesies Thrixspermum telah didokumentasikan secara ringkas dan menyeluruh.Thrixspermum merupakan genus orkid yang kurang diketahui dan difahami. Tempoh bunga mekar pendek, spesimen rujukan dan deskripsi asal spesies yang kurang baik menyebabkan masalah identifikasi dan klasifikasi. Terdapat tiga objektif dalam kajian ini iaitu untuk mewujudkan DNA Barcoding bagi genus Thrixspermum di Sabah, untuk menjelaskan kekeliruan hubungan di antara seksyen dalam genus Thrixspermum dengan menggunakan analisis molekular ITS dan rbcL berdasarkan kawasan nuklear ribosomal DNA dan kawasan kloroplas, dan untuk mendokumentasikan ciri morfologi ringkas spesies Thrixspermum. Sebanyak 27 spesimen (10 berbunga, 17 tidak berbunga) telah dikumpulkan yang terdiri daripada 26 Thrixspermum dan satu Cordiglottis fulgens iaitu sinonim kepada Thrixspermum. Dua-puluh satu spesimen telah dikenalpasti sehingga ke peringkat seksyen Schlechter (diadaptasi pada 1911): Thrixspermum/ Dendrocolla dan Katoco//a. Kaedah pengekstrakkan molekular adalah berdasarkan protokol piawai CTAB dan menggunakan protokol yang diterbitkan oleh kit pengekstrakan tumbuhan Dneasy. Protokol PCR dan Agarose gel elektroforesis menggunakan protokol piawai orkid. Penulenan, kitaran penjujukan, pemendakan dan penjujukan adalah menggunakan kit protokol dari QIAGEN. Hasil jujukan disusun secara manual dengan menggunakan perisian BioEdit versi 7 .2.2.0. Fail jujukan yang telah disusun ditukar ke fail Nexus dan digunakan dalam analisis filogenetik Maksimum Likelihood dan Bayesian Inference. Panjang jujukan ITS dan rbcL adalah masingmasing diantara 705-862 jujukan (bp) dan 632-737 bp. Jujukan bagi dua wilayah piawai kodbar telah diuji untuk jarak genetik. Jarak-jarak genetik dalam genus berdasarkan ITS dan rbcL masing-masing adalah 0.36-75 dan 0.98-75. Hubungan filogenetik kombinasi dua kawasan DNA dilakukan dengan menggunakan 27 spesimen dan satu outgroup (Phalaenopsis aphrodite Rchbf.f). Pokok filogenetik berdasarkan dataset gabungan (ITS dan rbcl) menghasilkan gambaran jelas mengenai hubungan seksyen dalam Thrixspermum. Pokok filogenetik terdiri daripada dua klad monofiletik utama, dan klad terbentuk mengikut kepada kumpulan seksyen Thrixspermum dan Dendrocolla seperti yang diperkenalkan oleh Schlecter (1911). Thrixspermum pens11e (Katocolla sek.) terletak di antara dua klad utama. Walaupun/ T. pensi/e adalah monofiletik dengan klad dari sek. Thrixspermum , tetapi nilai sokongan yang diperolehi adalah rendah iaitu 44 bp. Data molekul kajian ini tidak dapat memberikan sokongan samada pembentukan sek. Katoco/la boleh terjadi dan juga tidak membuktikan kebarangkalian bahawa spesies dari seksyen tersebut mungkin tertanam di dalam dua kumpulan seksyen lain akibat dari limitasi spesimen dan jujukan. Pemansuhan sek. Katocol/a seperti dicadangkan oleh O'Byrne tidak boleh disokong oleh kajian ini. Waiau bagaimanapun, kajian ini berjaya menyediakan data molekul menyokong pembentukan dua seksyen Thrixspermum yang lain (sek. Thrixspermum dan Dendrocolla). Kajian ini juga telah membuktikan genus Cordiglottis adalah sinonim kepada Thrixspermum berdasarkan kedudukan Cordiglottis fulgens dalam klad sect. Thrixspermum. Ciri-ciri morfologi bagi sebelas spesies Thrixspermum telah didokumentasikan secara ringkas dan menyeluruh.

Item Type:	Thesis (Masters)
Keyword:	Thrixspermum, DNA barcoding, ITS, rbcL, Filogeni tumbuhan
Subjects:	Q Science > QK Botany > QK1-989 Botany > QK474.8-495 Spermatophyta. Phanerogams > QK494-494.5 Gymnosperms
Department:	INSTITUTE > Institute for Tropical Biology and Conservation
Depositing User:	DG MASNIAH AHMAD -
Date Deposited:	03 Jul 2025 15:36
Last Modified:	03 Jul 2025 15:36
URI:	https://eprints.ums.edu.my/id/eprint/44319

Actions (login required)

View Item